Правительственная инициатива слить в одну общественную организацию три академии, этатизировав при этом их имущество, вызывает много обсуждений. Свое несогласие выражают члены «большой» академии, ее региональные отделения, профсоюз работников РАН, многие другие институты, организации и граждане.

Например, Координационный совет Санкт-Петербургского союза ученых в связи с проектом № 305828-6 Федерального закона «О Российской академии наук…» сделал следующее заявление.

«Любые поспешные и не подвергшиеся всестороннему и свободному обсуждению в научном сообществе попытки реформирования РАН и отраслевых академий недопустимы и разрушительны для будущего российской науки.

В частности, особую озабоченность членов Санкт-Петербургского союза ученых вызывают намерения авторов планируемой реформы слить воедино РАН и достаточно разнохарактерные отраслевые академии и, в особенности, передать управление всем имуществом и финансами академии бюрократической структуре, оторванной от задач и проблем научной деятельности институтов и не связанной мнением ведущих ученых страны.

Независимо от благих побуждений реформаторов и от действительной необходимости в серьезных преобразованиях в научной, в частности, в академической сфере, сам способ осуществления этих преобразований внушает большие опасения. И деловые, и моральные последствия подобного волюнтаризма в итоге могут быть катастрофическими.

Координационный совет СПбСУ призывает Министерство образования и науки, Правительство Российской Федерации и Государственную думу отказаться от любых попыток поспешного, силового решения проблем российской науки и отнестись с уважением к мнению российского научного сообщества, выработать которое следует в ходе публичной дискуссии как в системе РАН и других государственных академий, так и в общественных объединениях ученых и в широком кругу российских ученых».